包装桶清洗设备的清洗方法，其包括清洗工序和清洗废液处理工序，其中：清洗工序按照超纯水清洗→净化空气吹干→超纯高浓度过氧乙酸溶液浸泡→超纯水清洗→净化空气吹干的流程进行，超纯水清洗所用的超纯水的电阻率大于等于18.0M，超纯高浓度过氧乙酸溶液浸泡是指用浓度为35wt~40wt%的超纯过氧乙酸溶液对生产设备及包装桶进行浸泡；清洗废液处理工序包括用清洗所产生的过氧乙酸废液同时制备超纯过氧乙酸溶液和常规过氧乙酸溶液的步骤。按照本发明清洗后的生产设备及包装桶的单项杂质溶出量低于5ppb，能够满足不含添加剂的高纯过氧乙酸的生产要求和存储要求。